На початку 2021 року вчені з Колумбії виявили тривожний новий тип коронавірусу. Цей варіант, зрештою відомий як Mu, мав кілька тривожних мутацій, які, на думку експертів, могли допомогти йому уникнути захисту імунної системи.
Протягом наступних місяців Мо швидко поширився в Колумбії, Підживлення нового сплеску випадків Covid-19. До кінця серпня його виявили в десятках країн і Всесвітня організація охорони здоров’я призначив її «Змінна інтересу».
Джозеф Фофер, генетичний епідеміолог з Медичного центру Університету Небраски та автор Недавнє дослідження змінної.
Потім воно зникло. Сьогодні цей варіант повністю зник.
за дельту або Омікрон Існують варіанти гамма, йота або мю, які призвели до локальних спалахів, але ніколи не охопили глобального домінування. І хоча розуміння Omicron залишається найважливішим пріоритетом охорони здоров’я, є уроки, які слід винести з цих менших штамів, кажуть експерти.
«Цей вірус не має стимулу зупинити адаптацію та еволюцію», — сказав Джоель Вертем, молекулярний епідеміолог з Каліфорнійського університету в Сан-Дієго. «І знання того, як ви робили це в минулому, допоможе нам підготуватися до того, що ви можете зробити в майбутньому».
Дослідження нагляду також висвітлюють лазівки в нагляді та політичні помилки — надають більше доказів того, що міжнародна заборона на поїздки в Америку не була ефективною — і на те, що змушує вірус працювати, припускаючи, що на ранній стадії пандемії передача була важливішою за імунітет. ухилення.
Дослідження також підкреслює, наскільки важливим є контекст; Змінні, які впливають в одних місцях, не закріплюються в інших. Як наслідок, важко передбачити, які змінні стануть домінуючими, а для того, щоб залишатися в курсі майбутніх змінних і патогенів, буде потрібно всебічний моніторинг майже в реальному часі.
«Ми можемо багато виграти, подивившись на послідовність вірусного геному і кажучи: «Один, ймовірно, гірший за інший», — сказав доктор Вертем.
Тут видно Му
The Короновірус Він постійно змінюється, і більшість нових варіантів залишаються непоміченими або названими. Але інші б’ють на сполох або тому, що вони швидко стають все більш поширеними, або тому, що їхні геноми виглядають зловісно.
Обидва були вірними для Мо, коли він поширився в Колумбію. «У ньому було кілька мутацій, за якими люди уважно спостерігали», — сказала Марі Петрон, генетичний епідеміолог із Сіднейського університету та автор нової роботи Мо. Кілька мутацій білка спайка були задокументовані в інших імунологічних варіантах, включаючи бета і гамма.
У новому дослідженні, яке ще не було опубліковано в науковому журналі, вчені порівняли біологічні властивості Mu з властивостями альфа, бета, дельта, гамма і оригінального вірусу. Вони виявили, що Mu не реплікується швидше, ніж будь-який інший варіант, але це був найбільш невловимий для імунітету — більш стійкий до антитіл, ніж будь-який відомий варіант, крім Omicron.
Аналізуючи геномні послідовності зразків Mu, зібраних з усього світу, дослідники реконструювали поширеність цього варіанту. Вони прийшли до висновку, що Mu, швидше за все, з’явився в Південній Америці в середині 2020 року. Потім він поширювався протягом кількох місяців, перш ніж був виявлений.
Він сказав, що геномний нагляд у багатьох частинах Південної Америки був «неповним і неповним». Джессі Блум, експерт з еволюції вірусів із Центру дослідження раку Фреда Хатчінсона в Сіетлі. «Якби в цих областях був кращий моніторинг, можливо, було б легше швидко оцінити, наскільки стурбований Мо».
Мо також представив ще один виклик. У неї був тип мутації, відомий як мутація зміщення рамки, яка була рідкістю у зразках коронавірусу. Ці мутації були позначені як помилки, коли вчені, включаючи доктора Фофера, спробували завантажити свої послідовності Mu на GISAIDміжнародне сховище вірусних геномів, яке використовується для моніторингу нових варіантів.
Це ускладнення спричинило затримку участі громадськості в послідовностях Мо. Дослідники виявили, що час між тим, коли зразок вірусу був зібраний у пацієнта та оприлюднений на GISAID, завжди був довшим для випадків Mu, ніж для випадків Delta.
«Сам геном по суті створював штучні прогалини в нагляді», – сказав доктор Фауфер. «Це призвело, принаймні з нашого досвіду, до того, що ми не маємо даних тижнями, коли ми зазвичай намагаємося їх опублікувати протягом кількох днів».
(Дослідники наголосили на важливості систем контролю якості GISAID, і репозиторій усунув проблему.)
Поєднайте ці прогалини в моніторингу з імунними ухиленнями Му, і здавалося, що альтернатива ось-ось злетить. Але сталося не це. Натомість вчені виявили, що Мо поширився з Південної та Центральної Америки на інші континенти, але не поширився широко, коли потрапив туди. «Це вказує на те, що цей варіант не обов’язково був таким прийнятним для населення Північної Америки та Європи, як ми очікували», – сказав д-р Петрон.
Це було, швидше за все, тому, що Му виявив, що конкурує з ще більш приголомшливим варіантом: дельта. Дельта не був настільки вмілим ухилятися від антитіл, як Мю, але він був більш переданим. «Зрештою, «Дельта» поширилася ширше», — сказав доктор Блум.
Правильний вибір, правильний час
Вивчення вдалих варіантів розповідає лише половину історії. «Змінні, які не стають домінуючими, є певним чином негативними контролями», — сказав д-р Петрон. «Вони розповідають нам, що не спрацювало, і, роблячи це, допомагають заповнити прогалини в знаннях про змінну придатність».
Дельта перевершила кілька імуногенних варіантів, окрім Mu, включаючи бета, гамма та лямбда. Ця закономірність свідчить про те, що одного лише імунного ухилення було недостатньо, щоб дати можливість варіанту перерости дуже інфекційну версію вірусу — або, принаймні, це не було на ранній фазі епідемії, коли мало людей мали імунітет.
Але вакцинація та численні хвилі інфекції змінили імунний ландшафт. Вчені сказали, що альтернатива з високою імунітетом тепер повинна мати більше переваг, що, ймовірно, є однією з причин успіху Omicron.
Інше недавнє дослідження показало, що імунітет ухиляється від гамми в Нью-Йорку Прагніть робити краще У районах з більш високим рівнем імунітету, у деяких випадках через те, що вони сильно постраждали від першої хвилі Covid. «Ми не можемо побачити нову змінну у вакуумі, тому що вона знаходиться в тіні всіх змінних, які були до неї», — сказав доктор Вертем, який був автором дослідження.
Справді, зіткнення змінних у минулому показує, що успіх значною мірою залежить від контексту. Наприклад, Нью-Йорк міг бути місцем народження варіанта Йота, який Його виявили вперше У зразках вірусів, зібраних у листопаді 2020 року. «Так він завчасно закріпився», — сказав доктор Петрон. Навіть після появи більш портативного варіанту Альфа, Йота залишався домінуючим варіантом у місті протягом кількох місяців, перш ніж зрештою зник.
Але в Коннектикуті, де Йота і Альфа дебютували в січні 2021 року, все пішло інакше. «Альфа знялася негайно, у IOTA не було жодних шансів», – сказав доктор Петроні, який керував операцією. Вивчіть змінні в двох регіонах.
Подібна картина вже починає виникати з кількома штамами Omicron. У Сполучених Штатах, BA.2.12.1, варіант, вперше ідентифікований у Нью-Йорку, знявПеребуваючи в Південній Африці, BA.4 і BA.5 викликають нову стрілу.
Це ще одна причина для вивчення варіантів, які зменшилися, сказала Сара Отто, еволюційний біолог з Університету Британської Колумбії. Альтернатива, яка не була добре підібрана до певного часу та місця, могла з’явитися в іншому місці. Насправді, напевно, на нещастя Мо було те, що він з’явився так рано. «Можливо, не вистачило людей з імунітетом, щоб дати поштовх цьому варіанту», — сказав доктор Отто.
Але наступним тривожним варіантом може бути нащадок або щось подібне імунозахисного штаму, який так і не прижився, сказала вона.
Перегляд попередніх змінних може дати уявлення про те, що спрацювало – чи не спрацювало – щоб їх утримувати. Нове дослідження Gamma надає додаткові докази цього Заборона на міжнародні поїздкипринаймні в тому вигляді, в якому його впроваджують Сполучені Штати, навряд чи запобіжить глобальному поширенню цього варіанту.
Вперше гамма була визнана в Бразилії наприкінці 2020 року. У травні того ж року, Сполучені Штати заборонили більшості громадян, які не є громадянами США, в’їжджати в країну з Бразилії, обмеження залишається в силі. До листопада 2021 року. Проте гамма була виявлена в США в січні 2021 року і незабаром поширилася на десятки країн.
Оскільки Gamma ніколи не домінувала в усьому світі, його дослідження поширеності дає «чистішу» картину ефективності заборони на поїздки, сказала Тітяна Васильєва, молекулярний епідеміолог з Каліфорнійського університету в Сан-Дієго і автор дослідження. “Коли справа доходить до вивчення змінних, таких як дельта – те, що викликає масові спалахи всюди – іноді дуже важко знайти закономірності, тому що це відбувається у дуже великих масштабах і дуже швидко”, – сказала вона.
Доктор Фауфер сказав, що в умовах глобальної надзвичайної ситуації у сфері охорони здоров’я, що триває, з вірусом, який швидко змінюється, є зрозуміла причина зосередитися на майбутньому. Коли увага світу звернулася до Delta, а потім до Omicron, він і його колеги обговорювали, чи продовжувати вивчення старих новин Mu.
згадує доктор. «Але ми вважаємо, що все ще є місце для високоякісних досліджень, які задають питання про існуючі змінні, що викликають занепокоєння, і намагаються переглянути те, що сталося».
“Професійний вирішувач проблем. Тонко чарівний любитель бекону. Геймер. Завзятий алкогольний ботанік. Музичний трейлер”
